Un usuario root es unsuperusuario, un usuario conpermisos especiales. Vamos, que haciéndonos root podremos hacer cosas que no haría un usuario estándar y podremos instalar aplicaciones con funciones no permitidas de serie. El proceso varía según el terminal y la versión de Android de los que estemos hablando aunque por lo general es más que sencillo y no debería llevarnos más de 5 minutos. Además, una vez finalizado, sólo deberemos aceptar los permisos root en una ventanita que nos aparecerá en las aplicaciones que necesiten de los mismos. Para el resto, nada habrá cambiado.
Hacernos root no invalida la garantía. En la parte "negativa", el poder actuar a un nivel más "experto" puede llevarnos a cargarnos algo por lo que os recomiendo estar seguros de lo que tocáis antes de hacerlo o bien usar aplicaciones específicas para ello.